Cystenieren zijn meestal erfelijk. De ziekte ontstaat door een aangeboren afwijking in de genen, vaak in het PKD-1 of het PKD-2 gen. Daarom heet het ook wel familiare cystenieren. Door die fout in het DNA ontstaan er cysten in de nieren. In de loop van de jaren groeien er steeds meer en grotere cysten in de nieren, die het gezonde nierweefsel wegdrukken. De nieren kunnen hun werk niet meer goed doen, de nierfunctie gaat dan achteruit. Dit gebeurt in beide nieren.
Er is een kans van 1 op 2 dat een ouder het cystenieren en dus de ziekte doorgeeft aan een kind. Jongens en meisjes hebben evenveel kans op de ziekte. Soms ontstaan cystenieren door een nieuwe mutatie. De ouders hebben de aandoening dan niet, maar het kind wel.