Pathologie en Medische Biologie Detectie van breuken, deleties en amplificaties met behulp van FISH en IHC

Voor een compleet overzicht van alle moleculaire bepalingen die we aanbieden, zie “Extern aanvraagformulier Moleculaire Pathologisch onderzoek”.

De detectie van breuken, fusies, deleties en amplificaties m.b.v. Fluorescente-in-situ-hybridisatie (FISH)

Sinds vele jaren gebruiken we FISH om genetische veranderingen zoals gen-amplificaties, chromosomale deleties en chromosomale breuken/fusies in kaart te brengen.

De genen en/of breukgebieden zijn geselecteerd op basis van gangbare onco-richtlijnen, beschikbare trials en literatuur. Deze coveren de huidige meest relevante genetische veranderingen voor het ondersteunen van behandelkeuze voor met name targeted therapie bij longkanker en borstkanker maar ook als diagnostische en prognostische biomarkers bij glioblastomen, sarcomen en melanomen (zie overzicht in “Extern aanvraagformulier Moleculaire Pathologisch onderzoek”). De aanwezigheid van dergelijke tumor-specifieke genetische veranderingen kan echter ook mogelijk consequenties hebben voor andere tumortypen. De gebruikte FISH-methoden worden duidelijk in het PALGA-verslag vermeld. Gedetailleerde informatie van enkele FISH-detectiemethoden wordt op deze pagina beschreven.

Moleculaire interpretatie m.b.t. de detectie van translocaties, fusies, amplificaties en mutaties

Het gebruik van meerdere biomarkers kan resulteren in de detectie van (combinaties van verschillende) genetische veranderingen die niet eerder beschreven zijn in het betreffende tumortype, deze zullen vermeld worden in het PA-verslag. In het UMCG is een Moleculaire Tumor Board aanwezig die wekelijks op verzoek een advies kan geven. Indien u een behandeladvies of informatie wenst over lopende trials, kunt u contact opnemen met de Moleculaire Tumor Board via [email protected]. 

Opmerking: naast de FISH-detectiemethoden worden ook andere testen gebruikt om de diagnose compleet te maken zo

Het scoren van ALK-activatie m.b.v. immunohistochemie in kader van therapiekeuze (versie 01-03-2017)

Op basis van een studie uit 2017 waarin de respons op ALK-targeted therapie bij patiënten met longkanker werd gevalideerd in relatie tot de aanwezigheid van een ALK-breuk gedetecteerd met FISH versus de detectie van een sterke ALK-expressie gemeten m.b.v. immunohistochemie, bleek dat een hoge ALK-expressie een veel betere voorspelling voor een goede respons liet zien (DOI: 10.1158/1078-0432.CCR-16-1631). Sinds die studie voeren we standaard ALK-IHC (geen ALK-FISH) uit om te bepalen welke patiënten in aanmerking kunnen komen voor ALK-targeted therapie. Op speciaal verzoek of bij onduidelijke en/of lastige interpretatie van ALK-IHC voeren we een ALK-FISH uit.

Opmerking: bij patiënten onder behandeling van ALK-inhibitors die resistentie ontwikkelen wordt in een deel een specifieke mutatie in het ALK-gen waargenomen waarvoor andere specifieke inhibitors beschikbaar kunnen zijn. Deze specifieke mutaties kunnen alleen gedetecteerd worden mbv specifieke NGS-panels.

Het scoren van ALK breuken m.b.v. FISH en immunohistochemie (versie 01-06-2015)

ysis LSI ALK Break Apart Rearrangement Probe Kit (Abbott 06N38-020) voor de detectie van ALK-breuken (CE-marked)

FISH wordt uitgevoerd op een gebied dat door de patholoog is aangegeven op de HE-coupe met minimaal 100 neoplastische kernen. Bij <100 neoplastische kernen wordt het weefsel ongeschikt geacht en wordt de FISH-analyse niet uitgevoerd. De FISH wordt door 2 beoordelaars gescoord op minimaal 50 neoplastische kernen met een evalueerbaar FISH-signaal in het gebied aangegeven door de patholoog. Voor het scoren van de FISH patronen worden de volgende criteria (Thunnissen et al. Virchows Arch 461:245-257, 2012) gebruikt:

1. Cellen worden beschouwd als ALK-FISH positief indien:

• ten minste 1 set van rode en groene signalen >=2x de diameter van het grootste van de 2 signalen uit elkaar gelegen ligt; of
• wanneer een los/extra 5'-probe (rood) signaal zichtbaar is zonder een corresponderend 3'-probe (groen) signaal naast het normale colocaliserende (gele) signaal. Opmerking: een los/extra 3'-probe (groen) signaal zonder een corresponderend 5'-probe (rood) signaal wordt als negatief (= geen ALK-breuk) afgegeven.

1. Tumorweefsel wordt beschouwd als negatief (= geen ALK-breuk) als in <10% van de kernen een breukpatroon wordt gevonden;
2. Tumorweefsel wordt beschouwd als positief (= ALK-breuk aanwezig) als in >50% van de kernen een breukpatroon wordt gevonden;
3. Tumorweefsel wordt beschouwd als equivocaal bij een percentage breuk positieve kernen tussen 10% en 50%; in dit geval beschouwen we een gemiddelde score van >=15% als positief (= ALK-breuk aanwezig) en <15% als negatief (= geen ALK-breuk);
4. Als er <50 kernen met evalueerbare FISH signalen aanwezig zijn, is de uitslag niet-informatief.
5. Op basis van deze Abbott-ALK FISH assay kunnen we niet uitsluiten dat er andere genomische ALK-veranderingen aanwezig zijn​

Detectie van ALK- expressie mbv VENTANA anti-ALK (D5F3) Rabbit Monoclonal Primary Antibody.

Voor de detectie van ALK-expressie gebruiken we een gestandaardiseerde, volledig automatische immunohistochemische assay op de Ventana BenchMark Ultra: het VENTANA anti-ALK (D5F3) Rabbit Monoclonal Primary Antibody (Ventana Cat. No. 790-4794 / 06679072001 / CE-IVD-marked) in combinatie met de OptiView DAB IHC Detection Kit en de OptiView Amplification Kit. Voor de beoordeling van de immunohistochemische kleuring van ALK met dit protocol wordt gebruik gemaakt van de "Ventana ALK scoring interpretation guide". Zie voorbeeld in Wynes et al. JTO 2014;9:631.

Klinische interpretatie m.b.t. de detectie van ALK-breuken met FISH en IHC

Longcarcinomen (met name NSCLC) met een ALK-breuk en/of sterke ALK-expressie hebben in het algemeen een goede respons bij behandeling met verschillende ALK-remmers. Indien u een behandeladvies wenst, kunt u contact opnemen met de Moleculaire Tumor Board via [email protected].

Het scoren van ROS1 breuken m.b.v. FISH (versie 01-06-2015)​

Vysis LSI ROS1 Break Apart FISH probe RUO kit (Abbott 08N29-020) voor de detectie van ROS1-breuken.

FISH wordt uitgevoerd op een gebied dat door de patholoog is aangegeven op de HE-coupe met minimaal 100 neoplastische kernen. Bij <100 neoplastische kernen wordt het weefsel ongeschikt geacht en wordt de FISH-analyse niet uitgevoerd. De FISH wordt door 2 beoordelaars gescoord op minimaal 50 neoplastische kernen met een evalueerbaar FISH-signaal in het gebied aangegeven door de patholoog. Voor het scoren van de FISH patronen worden de volgende criteria (Bergethon et al. JCO 2012;30:863; Davies et al. Clin Cancer Res 2012;18:4517) gebruikt:

1. Cellen worden beschouwd als ROS1-FISH positief indien:

   1. ten minste 1 set van rode en groene signalen >=1x de diameter van het grootste van de 2 signalen uit elkaar gelegen ligt; of
   2. wanneer een los/extra 5'-probe (groen) signaal zichtbaar is zonder een corresponderend 3'-probe (rood) signaal naast het normale co-localiserende (gele) signaal. Opmerking: een los/extra 3'-probe (rood) signaal zonder een corresponderend 5'-probe (groen) signaal wordt als negatief (= geen ROS1-breuk) afgegeven.
2. Tumorweefsel wordt beschouwd als negatief (= geen ROS1-breuk) als in <15% van de kernen een breukpatroon wordt gevonden;
3. Tumorweefsel wordt beschouwd als positief (= ROS1-breuk aanwezig) als in >=15% van de kernen een breukpatroon wordt gevonden;
4. Als er <50 kernen met evalueerbare FISH signalen aanwezig zijn, is de uitslag niet-informatief.
5. Op basis van deze Abbott-ROS1 FISH assay kunnen we niet uitsluiten dat er andere genomische ROS1-veranderingen aanwezig zijn.

Klinische interpretatie m.b.t. ROS1-breuk

Longcarcinomen (met name NSCLC) met een ROS1-breuk hebben over het algemeen een goede respons bij behandeling met specifieke ROS1-remmers. Indien u een behandeladvies of informatie wenst over lopende trials, kunt u contact opnemen met de Moleculaire Tumor Board via [email protected].

Het scoren van RET breuken m.b.v. FISH (versie 01-06-2015)

Vysis 10q11 RET Break-Apart FISH Probe RUO Kit (Abbott 08N31-060) voor de detectie van RET-breuken.

FISH wordt uitgevoerd op een gebied dat door de patholoog is aangegeven op de HE-coupe met minimaal 100 neoplastische kernen. Bij <100 neoplastische kernen wordt het weefsel ongeschikt geacht en wordt de FISH-analyse niet uitgevoerd. De FISH wordt door 2 beoordelaars gescoord op minimaal 50 neoplastische kernen met een evalueerbaar FISH-signaal in het gebied aangegeven door de patholoog. Voor het scoren van de FISH patronen worden de volgende criteria (Tsuda et al. Brit J Cancer 2014;110:1571) gebruikt:

1. Cellen worden beschouwd als RET-FISH positief indien:

   1. ten minste 1 set van rode en groene signalen >=1x de diameter van het grootste van de 2 signalen uit elkaar gelegen ligt; of

      2. wanneer een los/extra 5'-probe (rood) signaal zichtbaar is zonder een corresponderend 3'-probe (groen) signaal naast het normale co-localiserende (gele) signaal.
      Opmerking: een los/extra 3'-probe (groen) signaal zonder een corresponderend 5'-probe (rood) signaal wordt als negatief (= geen RET-breuk) beschouwd.

2. Tumorweefsel wordt beschouwd als negatief (= geen RET-breuk) als in <20% van de kernen een breukpatroon wordt gevonden;
3. Tumorweefsel wordt beschouwd als positief (= RET-breuk aanwezig) als in >=20% van de kernen een breukpatroon wordt gevonden;
4. Als er <50 kernen met evalueerbare FISH signalen aanwezig zijn, is de uitslag niet-inform​atief.
5. Op basis van deze Abbott-RET FISH assay kunnen we niet uitsluiten dat er andere genomische RET-veranderingen aanwezig zijn

Klinische interpretatie m.b.t. RET-breuk

Longcarcinomen (met name NSCLC) met een RET-breuk reageren over het algemeen goed bij behandeling met specifieke RET-remmers. Indien u een behandeladvies of informatie wenst over lopende trials, kunt u contact opnemen met de Moleculaire Tumor Board via [email protected]