Het laboratorium van de Klinische Bacteriologie is verantwoordelijk voor de diagnostiek naar bacteriën, schimmels en parasieten. Hierbij wordt gebruik gemaakt van microscopie (bijv. Gram-preparaat), kweken op diverse agars en in bouillons en detectie van antigenen (bijv. Legionella sneltest).
Bij groei van relevante bacteriën of bij verdenking van infectie door gisten of schimmels vindt een resistentiebepaling plaats. Naast onderzoek primair voor diagnostiek, vindt tevens onderzoek plaats in het kader van infectiepreventie. Dit betreft onderzoek op niet patiëntgebonden materialen (bijv. voor de apotheek, van endoscopen en van dialysewaters) en epidemiologisch onderzoek op geïsoleerde stammen. Voor epidemiologisch onderzoek wordt gebruik gemaakt van moleculaire technieken als Spa-typering, MLST, MLVA, DiversiLab en DNA-chips.
Diagnostiek door middel van detectie van genetisch materiaal van micro-organismen met behulp van de zogenaamde Polymerase Chain Reaction (PCR), vindt plaats op de moleculaire unit van de afdeling Medische Microbiologie. Serologische diagnostiek (detectie van antistoffen tegen micro-organismen), wordt uitgevoerd door de sectie Klinische Virologie.
Op het diagnostisch laboratorium voor Orale Microbiologie wordt microbiologische diagnostiek uitgevoerd voor patiënten van het UMCG en voor derden. Er bestaat een nauwe samenwerking tussen de Afdeling Medische Microbiologie van het UMCG en Laboral Diagnostics. Naast parodontale microbiologie wordt er op het laboratorium voor Orale Microbiologie eveneens microbiologische diagnostiek uitgevoerd ten behoeve van diagnose en behandeling van ernstige cariës en infecties rond tandvervangende implantaten (peri-implantitis). Naast diagnostiek wordt op dit laboratorium ook wetenschappelijk onderzoek uitgevoerd zoals een jaarlijkse antibioticumresistentie surveillance bij strikt anaërobe mondbacteriën.
Binnen het UMCG kunnen aanvragen voor onderzoek bij de sectie Klinische Bacteriologie plaatsvinden via X-care. Informatie over aanvragen via X-care is te vinden onder Aanvragen via X-care voor de sectie Klinische Bacteriologie. Aanvragen voor serologisch onderzoek en moleculair onderzoek (anders dan voor MRSA en pre-operatieve S. aureus dragerschap) kunnen worden gedaan via het formulier Aanvraag Virologisch Onderzoek (CL 106).
Materiaal kan verstuurd worden per buispost via de spoedlijn 611 (op IC’s, SEH en OK’s) of de integrale lijn 2311 (verpleegafdelingen). De buispost is op werkdagen geopend van 7:30 - 16:30 uur en in het weekend van 8:00 - 12:00 uur.
Voor poliklinische patiënten levert het laboratorium verzendsets die voldoen aan de wettelijke eisen voor verzending per post. Deze zijn te bestellen via het Centraal Magazijn:
Aanvragen buiten openingstijden van het laboratorium van de Klinische Bacteriologie gaan in overleg met de dienstdoende arts-microbioloog voor de Klinische Bacteriologie. Deze is bereikbaar via de telefooncentrale van het UMCG. Het gehanteerde beleid voor onderzoek buiten kantooruren en in het weekend staat beschreven in “Diagnostiek buiten openingstijden en in het weekend”.
Onderzoeken aangevraagd door externe instanties kunnen via elk gewenst aanvraagformulier plaatsvinden, mits deze is voorzien van volledige patiëntgegevens (naam, initialen, geboortedatum, geslacht, volledig adres en BSN-nummer) en een eenduidige vraagstelling.
Buiten de openingstijden van het laboratorium kunt u bellen naar het algemene nummer van het UMCG. Vraag naar met de dienstdoende arts-microbioloog voor de sectie Klinische Bacteriologie en de dienstdoende arts-microbioloog of viroloog voor de sectie Klinische Virologie. Bij een oproep dient de aanvrager duidelijk aan te geven van welke sectie hij/zij de dienstdoende wil speken.
In het overzicht Verrichtingen Medische Microbiologie is te zien welk onderzoek wel en niet in aanmerking komt voor spoeddiagnostiek en voor uitvoering in het weekend.
In het weekend is de ontvangstbalie en de buispost van het laboratorium geopend van 8:00-12:00 uur.
Bij de ingang van het laboratorium is een koelkast (voor niet-bloedkweken) en een kast (voor bloedkweken) aanwezig voor opslag van materiaal onder de juiste bewaarcondities.
De dienstdoende arts-microbioloog bepaalt na overleg met de aanvrager of er een noodzaak is dat het materiaal buiten kantoortijden verwerkt dient te worden. Tevens wordt afgesproken waar het materiaal afgeleverd dient te worden.
Indien is afgesproken dat het materiaal direct de volgende ochtend geanalyseerd zal worden, dient de aanvrager er zorg voor te dragen dat het materiaal ook direct de volgende ochtend beschikbaar is. Dit kan door het materiaal de volgende ochtend te (laten) versturen met de buispost (op werkdagen geopend vanaf 7:30 en in het weekend vanaf 8:00 uur). Een andere optie is dat het materiaal wordt neergelegd in de koelkast bij de ingang van het laboratorium. De bodedienst is hiervoor bereikbaar via 12345.
Op vrijdag en de dag voor een feestdag wordt door de arts-microbioloog op basis van de aard van het materiaal, de klinische informatie en bevindingen van reeds gedaan onderzoek bepaald of een kweek in het weekend nagekeken dient te worden. NB: Het is de verantwoordelijkheid van de aanvrager om aanvragen te voorzien van relevante klinische informatie.
Materialen ontvangen op zaterdag, zondag of een feestdag worden verwerkt volgens de volgende criteria:
Van vloeibare feces wordt van opgenomen patiënten aangevraagde onderzoeken op Clostridium difficile wel verricht.
Met uitzondering van enkele wormen, zijn micro-organismen niet met het blote oog zichtbaar. Om ze zichtbaar te maken moet gebruik worden gemaakt van een microscoop. Vaak worden bepaalde kleuringen toegepast om ze nog beter zichtbaar te kunnen maken.
Schimmels en ook gisten, zijn zeer goed te zien door ze aan te kleuren met een fluorescerende stof die bindt aan het chitine in de celwand van schimmels. In het UMCG wordt daarvoor Blankophor gebruikt.
Voor parasieten die leven in feces en in bloed (met name de malaria parasiet) is microscopie de belangrijkste (en soms de enige) methode om ze aan te tonen.
Voor het isoleren van bacteriën, gisten en schimmels wordt gebruik gemaakt van diverse soorten agarplaten. Om te kunnen bepalen welke platen gebruikt moeten worden is het voor het laboratorium belangrijk dat uit de aanvraag duidelijk blijkt wat voor soort materiaal is ingestuurd en wat de vraagstelling is.
De keuze van de in te zetten platen wordt bepaald door het micro-organisme wat men wil kweken en de aard van het materiaal. Bevat het materiaal van nature veel soorten bacteriën (zoals bijv. feces en een keeluitstrijk), dan zal gebruik moeten worden gemaakt van zogenaamde selectieve agars om het gewenste micro-organisme te kunnen isoleren.
Voor onderzoek op resistente bacteriën, zoals meticilline resistente Staphylococcus aureus (MRSA), multiresistente gram-negatieve staven (MRGNS) of vancomycine resistente enterokokken (VRE) worden agarplaten gebruikt die bepaalde antibiotica bevatten.
Op een agar vormt elke groeiende bacterie een zogenaamde kolonie vormende eenheid. Hierdoor kan een inschatting worden verkregen van de hoeveelheid van de betreffende bacterie op een agarplaat. De hoeveelheid groei wordt semi-kwantitatief vermeld op de uitslag als zeer gering (minder dan 10 kve), weinig (10-100 kve), matig (100-1000 kve) of veel (>1000 kve). Voor urine, waarbij een gestandaardiseerde hoeveelheid materiaal wordt ingezet, wordt aangegeven hoeveel kve/ml is gegroeid.
Bepaalde materialen worden ook in bouillons geënt. Dit is een vloeibaar kweekmedium. Het voordeel van een bouillon is dat er meer patiëntenmateriaal in kan worden gedaan, zodat de kans groter wordt dat ook hele kleine hoeveelheden bacteriën gedetecteerd kunnen worden. Indien alleen groei wordt waargenomen in een bouillon wordt dit bij de groeidichtheid vermeld “aankweek”. Omdat in bloed meestal slechts kleine hoeveelheden bacteriën aanwezig zijn, wordt bloed uitsluitend gekweekt in vloeibaarmedium (in zogenaamde bloedkweekflesjes).
Met behulp van specifieke antistoffen in een test kunnen bepaalde onderdelen van een micro-organisme direct in patiëntenmateriaal worden gedetecteerd. Op de Klinische Bacteriologie wordt o.a. gebruik gemaakt van de volgende antigeentesten:
Van bacteriën kan een resistentie worden bepaald door middel van een diskdiffusie, een geautomatiseerde bouillondilutie (Vitek) of door middel van een zogenaamde E-test. In het UMCG wordt voor stafylokokken, enterokokken en veel voorkomende gram-negatieve staven een resistentiebepaling meestal gedaan met behulp van de Vitek. Hierbij wordt een zogenaamde Minimum Inhibitory Concentration (MIC) bepaald. De gehanteerde breekpunten voor gevoelig (Sensitive, S, matig gevoelig (Intermediair, I) en resistent (R) zijn gebaseerd op EUCAST (ziewww.eucast.org).
Er worden vaak meerdere antibiotica getest dan zichtbaar zijn op de uitslag. De eerste keuze middelen worden standaard meegedeeld. Bij resistentie voor eerste keuze middelen worden reserve antibiotica zichtbaar gemaakt. De keuze van de geteste antibiotica wordt bepaald door de soort bacterie.