•  NL 
  • Login medewerkers
  • mijnUMCG

Next-Generation-Sequence mutatieanalyse

Print 

​​Gedetailleerde informatie voor aanvragers (pathologen, oncologen, longartsen, e.a.). Voor een compleet overzicht van alle moleculaire bepalingen die we aanbieden, zie “Aanvraagformulier Moleculaire Pathologisch onderzoek”) 

Mutatie analyse m.b.v. next-generation-sequencing (NGS)

Sinds maart 2015 gebruiken we NGS-panels, waarbij we in één analyse-run per tumor informatie over de aanwezigheid van mutaties en deleties van meerdere mutatie hotspots in kaart kunnen brengen. De gebieden waarin we de mutaties bepalen, zijn geselecteerd op basis van onco-richtlijnen, beschikbare trials en literatuur. Deze coveren de huidige meest relevante mutaties voor het ondersteunen van behandelkeuze voor met name targeted therapie bij longkanker, colorectaal carcinoom (CRC), gastro-intestinale-stroma-tumoren (GIST) en melanoom. De aanwezigheid van dergelijke tumor-specifieke mutaties kan echter ook mogelijk consequenties hebben voor andere maligniteiten. Daarnaast bevatten onze panels een aantal markers die de diagnose van bepaalde tumoren kunnen ondersteunen. Omdat dit veld heel snel veranderd, passen we regelmatig onze panels aan of gebruiken we voor bepaalde vraagstellingen juist een andere dan het routine panel. Het gebruikte panel wordt duidelijk in het PALGA-verslag vermeld. De informatie van onze panels wordt op deze pagina beschreven. 

Moleculaire interpretatie m.b.t. de detectie van mutaties n.a.v. NGS-mutatie-analyse

Het gebruik van uitgebreidere panels zal resulteren in de detectie van mutaties of combinatie van mutaties die niet eerder beschreven zijn in de betreffende maligniteit, deze zullen vermeld worden in het PA-verslag. In het UMCG is een Moleculaire Tumor Board aanwezig die wekelijks op verzoek een advies kan geven.

Indien u een behandeladvies of informatie wenst over lopende trials, kunt u contact opnemen met de Moleculaire Tumor Board via Contact (zie www.MolOncoPath.nl). 

Opmerking: naast de NGS mutatie-panels worden er ook andere testen gebruikt om de diagnose compleet te maken zoals immunohistochemie, fusie-detectie, MLPA, enz.

Overzicht van alle NGS-panels die t.b.v. moleculaire diagnostiek in het Laboratorium voor Moleculaire Pathologie van het UMCG gebruikt worden/werden

Mutatieanalyse m.b.v. smMIP-NGS-PATH-v2D panel (versie 01-12-2017)

Deze techniek maakt gebruik van de smMIP technologie. Meer informatie over deze technologie kunt u vinden op www.netwerk-path.nl​. De PATH test analyseert alle genetisch aberraties die op dit moment essentieel zijn voor therapiekeuze, geregistreerde therapieën, of inclusie in klinische studies. In het PATH project zal de performance van de PATH test worden vergeleken met andere moleculaire technieken. Om actueel te blijven voor geregistreerde therapieën en klinische studies, zal het PATH panel met regelmaat (2x per jaar) worden aangepast. De samenstelling van het huidige PATH panel (v2D) is weergeven in Tabel 1.

​​Gen ​RefSeq ​Regio
​AKT1​NM_005163.2​codon 17
​AKT2​NM_001626.5​codon 17
​AKT3​NM_181690.2​codon 17
​ALK​NM_004304.4​codon 1059-1150, 1173-1278
​ARAF​NM_001256196.1​codon 214
​BRAF​NM_004333.4​codon 455-488,566-580, 594-605
​DDR2​NM_006182.2​codon 503-856
​EGFR​NM_005228.4​codon 434-499, 688-875
​ERBB2​NM_004448.3​codon 310, 650-883
​GNA11​NM_002067.4​codon 183 en 209
​GNAQ​NM_002072.4​codon 183 en 209
​GNAS​NM_000516.5​codon 201 en 227
​HRAS​NM_005343.3​codon 12, 13, 59 en 61
​IDH1​NM_005896.3​codon 132
​IDH2​NM_002168.3​codon 140 en 172
​JAK2​NM_004972.3​codon 617
​KIT​NM_000222.2​codon 412-513, 550-591, 640-787, 799-850
​KRAS​NM_004985.4​codon 12, 13, 59, 61, 117 en 146
​MAP2K1​NM_002755.3​codon 28-231
​MET​NM_001127500.2​codon 168, 375, 982-1027, 1230-1284, 1304
​MTOR​NM_004958.3​1458-1489, 1789-1820, 1971-1995, 2194-2220, 2404-2433, 2484-2509
​NRAS​NM_002524.4​codon 12, 13, 59, 61, 117 en 146
​PDGFRA​NM_006206.5​codon 552-595, 632, 667, 824-848
​PIK3CA​NM_006218.3​codon 345, 420, 539-554, 1043-1050
​POLE​NM_006231.3​codon 268-491
​PTEN​NM_000314.6​codon 86-267, 276-342
​RAF1​NM_002880.3​codon 257-261
​ROS1​NM_002944.2​codon 1927-2189
​TP53​NM_000546.5​​>95% van de coderende gebieden

Tabel 1:  smMIP-NGS-PATH-panel-v2D, 29 genen, 479 smMIPs.​

Mutatieanalyse m.b.v. smMIP-NGS-v01 (versie 01-06-2017)

Het eerste NGS-panel dat we geïntroduceerd hebben in ons lab gebaseerd op de smMIP technologie werd beschreven door de Pathologie van het RadboudMC en is gebruikt om deze nieuwe technologie te valideren en implementeren in ons lab. Het panel vertoont een overlap met eerdere NGS-panels maar mist ook aantal voor-longkanker-belangrijke genen. Panel-v01 bevat wel genen geschikt voor screenen mutaties voor specifieke vraagstellingen.

​​Gene ​Refseq ​chr ​codon
​ATK1​NM_005163.2​​chr14​codon 17
​BRAFNM_004333.4chr7codon 582-620
​CTNNB1​NM_001098210.1chr3codon 13-55
​EGFR​NM_005228.3chr7codon 465-500, 688-728, 729-761, 762-823, 826-875
​ERBB2​NM_004448.3chr17codon 770-806
​GNA11​NM_002067.4chr19codon 160-202, 203-236
​GNAQNM_002072.3chr9codon 168-202, 203-239
​GNASNM_000516.4chr20codon 196-220, 221-240
​H3F3A​NM_002107.4chr1codon 9-43
​H3F3B​NM_005324.4chr17codon 12-43
​HRAS​NM_005343.2chr11codon 1-37, 38-90
​IDH1NM_005896.3chr2codon 101-138
​IDH2​NM_002168.3chr15codon 126-178
​JAK2​NM_004972.3chr9codon 594-622
​KIT​NM_000222.2chr4codon 412-449, 450-514, 550-592, 628-664, 665-714, 788-820
​KRAS​NM_33360.3chr12codon 1-37, 38-78, 98-129, 135-150
​MPL​NM_005373.2chr1codon 515
​MYD88​NM_002468.4chr3codon 169-280
​NRAS​NM_002524.4chr1​1-33, 46-91, 98-150
​PDGFRANM_006206.4chr4codon 552-596, 632-668
​PIK3CANM_006218.2chr3codon 520-55, 1015-1069

Tabel 2:  smMIP-NGS-v01, 21 genen, 119 smMIPs.​

Mutatieanalyse m.b.v. IonPGM-v002 (versie 01-10-2016)

Naast IonPGM-v001 panel (zie tabel 4) maken we vanaf 01-09-2016 ook gebruik van een aangepast IonPGM-v002 panel. Dit panel bevat naast de mutatie hotspot regio’s van panel IonPGM-v001, 13 extra mutatie hotspot-regio’s. Deze zijn op verzoek van longartsen, pathologen en medisch oncologen op basis van landelijke (concept) oncoline-richtlijnen toegevoegd. Voor long en colon carcinoom zijn (gatekeeper) mutatie gebieden in ROS, ALK, EGFR en MET (exon14-skipping) toegevoegd. Voor glioom en melanoom zijn voor diagnose mutatie gebieden toegevoegd in IDH1/2 en HRAS (zie tabel 3 voor volledig overzicht van de genen en de specifieke regio’s). 

Am​plicon​​Gene​​ExonRefseqChrInsert_StartInsert_Stop
AKT1_17AKT12hg19/NM_005163chr14105246473105246583
ALK_1151-1156ALK22hg19/NM_004304chr22944521029445319
ALK_1174-1206ALK23hg19/NM_004304chr22944368729443766
ALK_1174-1206ALK23hg19/NM_004304chr22944356929443695
BRAF_600BRAF15hg19/NM_004333chr7140453098140453215
BRAF_exon11BRAF11hg19/NM_004333chr7140481392140481511
BRAF_exon11BRAF11hg19/NM_004333chr7140481362140481448
EGFR_492EGFR12hg19/NM_005228chr75522795055228060
EGFR_exon18EGFR18hg19/NM_005228chr75524167855241801
EGFR_exon18EGFR18hg19/NM_005228chr75524160155241688
EGFR_exon19EGFR19hg19/NM_005228chr75524244455242563
EGFR_exon19EGFR19hg19/NM_005228chr75524235155242454
EGFR_exon20EGFR20hg19/NM_005228chr75524900555249131
EGFR_exon20EGFR20hg19/NM_005228chr75524895755249064
EGFR_exon20EGFR20hg19/NM_005228chr75524912155249200
EGFR_exon21EGFR21hg19/NM_005228chr75525936555259492
EGFR_exon21EGFR21hg19/NM_005228chr75525948255259578
ERBB2_exon19ERBB219hg19/NM_004448chr173788022837880352
ERBB2_exon19ERBB219hg19/NM_004448chr173788014737880238
ERBB2_exon20*ERBB220hg19/NM_004448chr173788096137881060
ERBB2_exon21*ERBB221hg19/NM_004448chr173788132537881453
ESR1_463ESR19hg19/NM_000125chr6152415477152415600
ESR1_463ESR19hg19/NM_000125chr6152415601152415719
ESR1_534-537ESR110hg19/NM_000125chr6152419790152419918
ESR1_534-537ESR110hg19/NM_000125chr6152419908152420028
GNA11_183GNA114hg19/NM_002067chr1931149603115051
GNA11_209GNA115hg19/NM_002067chr1931188763118993
GNAQ_183GNAQ4hg19/NM_002072chr98041242580412546
GNAQ_209GNAQ5hg19/NM_002072chr98040938280409502
GNAS_201GNAS8hg19/NM_000516chr205748436057484474
GNAS_227GNAS8hg19/NM_000516chr205748453557484659
H3F3A_27-36H3F3A2hg19/NM_002107chr1226252099226252197
H3F3B_35-37H3F3B2hg19/NM_005324chr177377514573775227
H3F3B_35-37H3F3B2hg19/NM_005324chr177377502873775156
HRAS_117-146HRAS4hg19/NM_176795chr11533483533581
HRAS_1213HRAS2hg19/NM_176795chr11534220534306
HRAS_61HRAS3hg19/NM_176795chr11533782533882
IDH1_132IDH14hg19/NM_005896chr2209113082209113196
IDH2_140-172IDH24hg19/NM_002168chr159063175890631886
JAK2_617JAK214hg19/NM_004972chr950736805073801
KIT_exon11KIT11hg19/NM_000222chr45559351955593634
KIT_exon11KIT11hg19/NM_000222chr45559362455593725
KIT_exon13KIT13hg19/NM_000222chr45559409755594221
KIT_exon13KIT13hg19/NM_000222chr45559421155594296
KIT_exon14KIT14hg19/NM_000222chr45559549555595605
KIT_exon14KIT14hg19/NM_000222chr45559559555595661
KIT_exon17KIT17hg19/NM_000222chr45559922955599303
KIT_exon17KIT17hg19/NM_000222chr45559929355599376
KIT_exon18KIT18hg19/NM_000222chr45560257555602691
KIT_exon18KIT18hg19/NM_000222chr45560268155602790
KIT_exon8KIT8hg19/NM_000222chr45558963655589765
KIT_exon8KIT8hg19/NM_000222chr45558975555589875
KIT_exon9KIT9hg19/NM_000222chr45559201555592139
KIT_exon9KIT9hg19/NM_000222chr45559213155592244
KRAS_117-146KRAS4hg19/NM_033360chr122537852725378605
KRAS_117-146KRAS4hg19/NM_033360chr122537858825378663
KRAS_1213KRAS2hg19/NM_033360chr122539818925398310
KRAS_61KRAS3hg19/NM_033360chr122538017025380270
KRAS_61KRAS3hg19/NM_033360chr122538026025380337
MAP2K1_111-124MAP2K13hg19/NM_002755chr156672909266729218
MAP2K1_203MAP2K16hg19/NM_002755chr156677407166774199
MAP2K1_264MAP2K17hg19/NM_002755chr156677740366777522
MAP2K1_264MAP2K17hg19/NM_002755chr156677730366777413
MAP2K1_382MAP2K111hg19/NM_002755chr156678282766782955
MAP2K1_53MAP2K12hg19/NM_002755chr156672741466727523
​MET exon 14‐intron 14​MET​exon 14‐intron 14​hg19/NM_001127500​chr7​116411950​116412070
​MET intron 13‐exon​MET​intron 13‐exon 14​hg19/NM_001127500​chr7​116411820​​116411941​
NRAS_117-146NRAS4hg19/NM_002524chr1115252187115252314
NRAS_12-13NRAS2hg19/NM_002524chr1115258687115258805
NRAS_61NRAS3hg19/NM_002524chr1115256463115256578
PDGFRA_exon12PDGFRA12hg19/NM_006206chr45514093755141058
PDGFRA_exon12PDGFRA12hg19/NM_006206chr45514104855141154
PDGFRA_exon14PDGFRA14hg19/NM_006206chr45514402855144127
PDGFRA_exon14PDGFRA14hg19/NM_006206chr45514411755144191
PDGFRA_exon18PDGFRA18hg19/NM_006206chr45515197055152087
PDGFRA_exon18PDGFRA18hg19/NM_006206chr45515207755152162
PIK3CA_1047PIK3CA9hg19/NM_006218chr3178952019178952135
PIK3CA_542-549PIK3CA20hg19/NM_006218chr3178936053178936169
POLE_286POLE9hg19/NM_006231chr12133253119133253245
POLE_411POLE13hg19/NM_006231chr12133250221133250310
ROS1_2032ROS138hg19/NM_002944chr6117638291117638405
ROS1_2155ROS141hg19/NM_002944chr6117630010117630131
​ ​

Tabel 3: IonPGM-v002 panel, 24 genen, 82 amplicons.​

Mutatieanalyse m.b.v. IonPGM-v001 (versie 16-03-2015)

Met behulp van een multiplex PCR worden mutatie hotspot regio’s van 11 genen geamplificeerd en vervolgens wordt hiervan de genetische code bepaald d.m.v. ion semiconductor sequentie-analyse met het PGM-IonTorrent systeem (Life Technology). De hotspot regio’s in de volgende genen worden geanalyseerd: ALK, BRAF, EGFR, ERBB2, GNA11, GNAQ, KIT, KRAS, NRAS, PDGFRA en PIK3CA (zie tabel 1 voor specifieke regio’s). In ons huidige panel zitten regio’s van genen die in de landelijke (concept) oncoline-richtlijnen beschreven zijn als prognostische of predictieve markers, dan wel als target voor gen-gerichte therapie bij onder andere longkanker, colorectaal carcinoom, melanoom en GIST (tabel 4).

Am​plic​on​

Gene

Exon

​Reference

Chr

Insert_Start

Insert_Stop

ALK_1174

ALK

23

hg19/NM_004304

chr2

29443544

29443753

ALK_1275

ALK

25

hg19/NM_004304

chr2

29432582

29432798

BRAF_469

BRAF

11

hg19/NM_004333

chr7

140481298

140481518

BRAF_600

BRAF

15

hg19/NM_004333

chr7

140453030

140453241

EGFR_18

EGFR

18

hg19/NM_005228

chr7

55241597

55241800

EGFR_19

EGFR

19

hg19/NM_005228

chr7

55242353

55242556

EGFR_20

EGFR

20

hg19/NM_005228

chr7

55248917

55249145

EGFR_21

EGFR

21

hg19/NM_005228

chr7

55259368

55259594

ERBB2_19

ERBB2

19

hg19/NM_001005862

chr17

37880117

37880341

ERBB2_20

ERBB2

20

hg19/NM_001005862

chr17

37880910

37881090

ERBB2_21

ERBB2

21

hg19/NM_001005862

chr17

37881284

37881499

GNA11_209

GNA11

5

hg19/NM_002067

chr19

3118790

3119018

GNAQ_209

GNAQ

5

hg19/NM_002072

chr9

80409462

80409591

KIT_11

KIT

11

hg19/NM_000222

chr4

55593531

55593755

KIT_13

KIT

13

hg19/NM_000222

chr4

55594129

55594354

KIT_14

KIT

14

hg19/NM_000222

chr4

55595452

55595680

KIT_17

KIT

17

hg19/NM_000222

chr4

55599231

55599444

KIT_8

KIT

8

hg19/NM_000222

chr4

55589673

55589886

KIT_9

KIT

9

hg19/NM_000222

chr4

55592034

55592251

KRAS_1213

KRAS

2

hg19/NM_004985

chr12

25398184

25398387

KRAS_146

KRAS

4

hg19/NM_004985

chr12

25378432

25378651

KRAS_61

KRAS

3

hg19/NM_004985

chr12

25380180

25380336

NRAS_117

NRAS

4

hg19/NM_002524

chr1

115252142

115252336

NRAS_1213

NRAS

2

hg19/NM_002524

chr1

115258640

115258864

NRAS_61

​NRAS

3

hg19/NM_002524

chr1

115256404

115256624

PDGFRA_12

PDGFRA

12

hg19/NM_006206

chr4

55140935

55141138

PDGFRA_14

PDGFRA

14

hg19/NM_006206

chr4

55144042

55144265

PDGFRA_18

PDGFRA

18

hg19/NM_006206

chr4

55151981

55152185

PIK3CA_20

PIK3CA

20

hg19/NM_006218

chr3

178951972

178952197

PIK3CA_9

PIK3CA

9

hg19/NM_006218

chr3

178936053

178936181

​Tabel 4: IonPGM-v001 panel, 30 amplicons. Met deze analyse wordt het hele amplicon gesequenced met de daarin gelegen bekende hotspot mutaties. ​